Su Ürünleri Ana Bilim Dalı Lisansüstü Programının amacı, öğrenciye alanında gerekli bilgi birikimini kazandırmak için olanak sağlamak, bağımsız araştırma yapma yeteneğini geliştirmek, bilimsel bulgu ve olayları geniş ve derinlemesine bir bakış açısıyla irdeleyerek yorum yapmayı sağlamak için akademik donanım kazandırmaktır. Bu amaçla su ürünlerini bağımsız ve bilimsel bir araştırma alanı olarak ele almak, dolayısıyla Su Ürünleri Temel Bilimleri, Su Ürünleri Yetiştiriciliği ve Hastalıkları, Su Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi gibi alanlarda ileri seviyede eğitim/öğretim vermek, bilimsel araştırmalar yapılmasına uygun ortamlar oluşturabilmek, kuramsal ve/veya deneysel araştırmalar yapmak, bilimsel yayın üretmek, üretilen tezler ile yerel ve ülke bazında sosyal, çevresel, teknolojik sorunlara yanıt aramak ve bulmak, özel ve kamu kuruluşlarının sorunlarına bilimsel çözümler üretmek ve akademik danışmanlık yaparak sektörü geliştirmek doktora eğitiminin en önemli unsurları olarak görülmektedir. Yüksek lisans öğrencilerine bağımsız ve analitik düşünme, özgün araştırma yapma, bilimsel olayları çok yönlü yorumlama ve araştırma sonuçlarına bağlı kalarak atılması gerekli adımları belirleme ve sorun çözme yeteneği kazandırılması amaçlanmaktadır.
Lisansüstü eğitim Fen Bilimleri Enstitüsüne bağlı olarak 2011-2012 eğitim - öğretim dönemi bahar yarıyılından itibaren sürdürülmektedir.