İKÇÜ Su Ürünleri Fakültesi 3 bölüm altındaki 7 ana bilim dalından meydana gelmektedir.

Bölümleri ve Ana Bilim Dalları;

Su Ürünleri Temel Bilimler Bölümü: Su ürünleri Temel Bilimler Bölümünün öncelikli amacı deniz ve iç su bilimleri alanlarında ileri bilgi ve tecrübeye sahip lisansüstü öğrenci yetiştirmektir. Ayrıca, sucul ortamdaki çevresel sorunlar, balıkçılığa etkileri ve su ürünleri ile ilgili sorunları yerinde tespit etmek, çözüm yollarını bulmak üzere gerekli araştırma ve çalışmaları yapmaktır. Bu kapsamda, bölümümüzde BAP ve TÜBİTAK gibi kuruluşlarca desteklenen projeler yürütülmektedir.

•    Balıkçılık Temel Bilimler Ana Bilim Dalı

•    Deniz Biyolojisi Ana Bilim Dalı

•    İç Sular Biyolojisi Ana Bilim Dalı

Su Ürünleri Yetiştiricilik Bölümü: Fakültemizde Yetiştiricilik Bölümü bünyesinde Akvaryum Ünitesi, Kapalı Devre Balık Yetiştiriciliği Araştırma Ünitesi, Karantina Ünitesi, Kuluçkahane ve Canlı Yem Ünitesi, Sera ve Akuafonik Ünitesinin yanı sıra Alg Laboratuvarı, Balık Hastalıkları ve Biyoteknoloji Laboratuvarı, Biyokimya ve Histolojik Çalışma Laboratuvarı ve Omurgasızlar Yetiştiriciliği Laboratuvarı bulunmaktadır. Bu birimlerde lisans öğrencilerinin uygulamaları ve lisan üstü öğrencilerin yüksek lisans ve doktora tezleri yürütebilmektedir. Ayrıca su ürünleri konusunda BAP (Bilimsel Araştırma Projeleri), TÜBİTAK (Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu) ve özel sektör ile üniversite arasında planlanan çok sayıda ortak araştırma projesi yapılmaktadır.  Yetiştiricilik Ana Bilim Dalımızın sahip olduğu yetiştiricilik ünitelerinde  çipura, levrek, yayın, karabalık, tilapya balıklarının yetiştiriciliğinin yanı sıra 10'dan fazla akvaryum balığı türü üretilmektedir. 

•    Yetiştiricilik Ana Bilim Dalı

•    Hastalıklar Ana Bilim Dalı

Su Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Bölümü: Avlama ve İşleme Teknolojisi Bölümü yoğun teorik eğitim ve laboratuvar çalışmalarının yanısıra teknik geziler ile lisans öğrencilerinin balıkçılık sektörü hakkında bilgi sahibi olmaları sağlanmaktadır. Ana Bilim Dalında lisans ve lisansüstü eğitim faaliyetleri ve bilimsel araştırmalar yürütülerek literatüre ve balıkçılık yönetimine katkı sağlanmaktadır.

•    Avlama Teknolojisi Ana Bilim Dalı

•    İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı